En el año 2001, mediante el decreto número 1983 del Departamento de Antioquia, la Gerencia Indígena comienza a ser parte de la estructura orgánica de la Gobernación de Antioquia.
La Gerencia indígena contribuye a la protección y garantía de los derechos fundamentales de los pueblos indígenas de Antioquia en el marco de los Planes de Desarrollo Nacional y Departamental, de la Política Pública Departamental, y de los Planes de Vida Indígenas, con el apoyo de las instituciones públicas, privadas y comunitarias.
Misión
Ayudar en el mejoramiento de las condiciones de vida y el desarrollo integral de las comunidades indígenas del Departamento de Antioquia, adoptando las políticas y programas para tal fin, además se garantizarán las condiciones de competitividad para el desarrollo social y económico de las comunidades para ello debe aplicarse los criterios de solidaridad y equidad con la participación activa de las comunidades nacionales e internacionales y sus diferentes sectores.
Visión
La Gerencia Indígena de Antioquia a través de sus programas, logrará en el 2020, la atención diferenciada de las necesidades indígenas del departamento. Para ello deberá articularse adecuadamente a los procesos de desarrollo de Antioquia.